Zum ersten Mal wird Halfing mit der Kirche am 03. Januar 928 in einer Tauschurkunde erwähnt. Zu dieser Zeit übergab Erzbischof Odalbert von Salzburg dem Edlen Rafolt den Ort ,,Hadoluinga cum ecclesia et decimis" (Halfing mit der Kirche und dem Zehnten) gegen zwei Orte bei Landshut (Hauthaler, Salzburger Urkundenbuch l, Nummer 71).
Im Spätmittelalter übte das Geschlecht der Laiminger und deren Nachkommen in der Hofmark Halfing die weltliche Administration über die Halfinger Kirche aus, die damals zur Pfarrei Höslwang gehörte. Das Gotteshaus wurde in der Zeit der Spätgotik (um 1415) völlig neu erbaut. Hauptförderer des Kirchenbaues waren die Laiminger, sie wurde im Jahr 1432 von Johannes ll. Ebser, Bischof von Chiemsee (als Weihbischof von Salzburg) eingeweiht. Es ist davon auszugehen, dass dieser Kirchenbau im Lauf des späten 15. und des beginnenden 15. Jahrhunderts noch beträchtlich erweitert wurde.
Im Sommer 1725 wurde das Gotteshaus durch Sturm und Gewitter so weit beschädigt, dass ein Neubau unvermeidlich schien. Die Leitung des Baues wurde dem damaligen Pfarrer Haagn übertragen. Dem Herrn von Fossa (auf Schloss Forchteneck) wurde unter Strafandrohung auferlegt, 2.000 Gulden aus dem Zechschrein der Kirche für den Bau zur Verfügung zu stellen, wogegen dieser "öffers häßlich protestieret hat".
Der Kirchenbau wurde im Mai 1727 begonnen, mit der Ausführung wurde Thomas Mayr, Maurermeister von Grafing, und Thomas Cronast, Gerichtszimmermeister von Kling, beauftragt. Man hat zuerst das neue Langhaus errichtet, dabei wurden die alten Seltenmauern bis zu einer Höhe von 3,50 m erhalten. Anstelle eines kostspieligen Ziegelgewölbes wurde ein Lattengewölbe erstellt. Noch im gleichen Jahr konnte der neue Dachstuhl aufgesetzt werden, 1730 fand der Bau seinen endgültigen Abschluss. 1732 wurde ein ursprünglich für die Traunsteiner Stadtpfarrkirche vom Traunsteiner Tischler Wolfgang Dersch gebauter Hochaltar, der dort jedoch wegen Geldmangels noch nicht gefasst war, angekauft. Die Altarfiguren schnitzte der Bildhauer Georg Andreas Dietrich, ebenfalls aus Traunstein.
1773 hat schließlich, wie eine Inschrift auf ihrer Rückseite besagt "die Halfingerische gemeyn samtt anderen guetthätern" die beiden neuen Seitenaltäre machen und fassen lassen. Um diese Zeit entstand auch die prächtige Kanzel des Gotteshauses.
Halfing war durch mehrere Jahrhunderte hindurch die bedeutendste marianische Gnadenstätte im westlichen Chiemgau zwischen Inn, Chiemsee und Alz. Die Wallfahrt zu "Unserer lieben Frau im Moos", wie das um 1430 entstandene Gnadenbild (und auch die Kirche selbst) genannt wurde, muss im Lauf des 15. Jahrhunderts aufgekommen sein. Weiteren Aufschwung nahm die Wallfahrt durch die Einführung einer Skapulierbruderschaft 1648 bzw. 1550. In der Barockzeit kamen jährlich bis zu 15.000 Wallfahrer nach Halfing.
Die Halfinger Kirche präsentiert sich als eine sehr große Spätbarockkirche mit einem mächtigen spätgotischen Turm. Die Kirche ist 39 m lang und gehört zu den größten Gotteshäusern im Chiemgau. Sie wurde zum Vorbild für die 1735 erbaute Pfarrkirche in Prien. Das Patrozinium der Kirche wird am Fest Mariä Himmelfahrt begangen. Es scheint sich dabei um eine Einführung in neuerer Zeit zu handeln, denn 1708 wird ausdrücklich Mariä Geburt als Patrozinium angegeben.